مطلع أكتوبر/تشرين الأول 1990، عبر مسلحو الجبهة الوطنية الرواندية المنتمون لشعب التوتسي (Tutsis)، بقيادة بول كاغامي (Paul Kagame)، الحدود الأوغندية الرواندية، معلنين بذلك بداية الحرب الأهلية الرواندية. وفي خضم هذه الحرب، دعمت فرنسا الجيش الرواندي، المتكون أساسا من جنود منتمين لشعب الهوتو (Hutus)، ضد قوات التوتسي التي تكونت أساسا من مهاجرين غادروا البلاد عقب الاستقلال.

الحرب الأهلية الرواندية وسلام أروشا
إلى ذلك، استمرت الفترة الأولى من هذه الحرب الأهلية لحدود شهر آب/أغسطس 1993، وقد شهدت هذه الفترة الأولى العديد من المعارك والانتهاكات ضد المدنيين وأسفرت عن سقوط مئات الآلاف من القتلى والجرحى. وفي الأثناء، عرفت هذه الفترة الأولى نهايتها عقب توقيع معاهدات أروشا (Arusha) بتنزانيا، فعقب مفاوضات استمرت ما بين شهري حزيران/يونيو 1992 وآب/أغسطس 1993، أبرم طرفا النزاع حوالي 5 معاهدات لإنهاء النزاع المسلح بالبلاد، وبموجب هذه الاتفاقيات، قبل الهوتو والتوتسي بمبدأ ضم جميع الأعراق الرواندية للحكومة والجيش تزامنا مع طرد جميع القوات الفرنسية من البلاد. فضلا عن ذلك، أبدى طرفا النزاع موافقتهما على تكوين بعثة أممية للإشراف على تطبيق ما جاء بمعاهدات أروشا.

من ناحية ثانية، كلّف السياسي، المنتمي للهوتو، فوستين تواجيرامونغو (Faustin Twagiramungu) بمهمة تشكيل حكومة جديدة، تضم جميع أطياف المجتمع الرواندي. كما أوكلت له مهمة السهر على إعادة دمج المنفيين التوتسي بالمجتمع الرواندي. وبحلول منتصف كانون الأول/ديسمبر 1993، انسحبت القوات الفرنسية، التي تدخلت ضمن عملية نوروا (Noroît)، من الأراضي الرواندية، وفي المقابل، فضّلت فرنسا الإبقاء على عدد من المستشارين العسكريين برواندا بغرض تقديم المشورات الأمنية للسلطات المحلية.

اغتيال الرئيس
يوم 6 نيسان/أبريل 1994، عاد الرئيس الرواندي جوفينال هابياريمانا (Juvénal Habyarimana) للعاصمة الرواندية كيغالي قادما من تنزانيا على متن طائرة من نوع فالكون 50 (Falcon 50) كانت قد حصلت عليها رواندا في وقت سابق كهدية من فرنسا. وخلال اجتماع كان قد جمعه في وقت سابق بدار السلام بعدد من ممثلي مختلف الأعراق الرواندية وممثلين عن منظمات دولية، قبل الرئيس بمبدأ إحداث جميع الجمعيات والمؤسسات السياسية المخصصة لإنجاح الفترة الإنتقالية، ودمج المهاجرين التوتسي، حسب ما نصت عليه معاهدات أروشا السابقة التي أنهت الحرب الأهلية الرواندية.

أثناء استعدادها للنزول بمطار كيغالي في حدود الساعة الثامنة وسبع وعشرين دقيقة ليلا يوم 6 نيسان/أبريل 1994، أصيبت طائرة الرئيس جوفينال هابياريمانا بصاروخين مجهولي المصدر. وبسبب ذلك، تحطمت الطائرة الرئاسية بموقع غير بعيد عن المطار متسببة في مقتل جميع ركابها الذين تواجد ضمنهم الرئيس الرواندي جوفينال هابياريمانا ونظيره البورندي، رئيس دولة بورندي، سيبريان نتارياميرا (Cyprien Ntaryamira) إضافة لعدد آخر من كبار السياسيين والعسكريين الروانديين. خلال اليوم التالي الموافق 7 نيسان/أبريل 1994، اندلعت برواندا الإبادة الجماعية التي قادها المتعصبون المنتمون للهوتو ضد التوتسي، وخلال فترة قدرت بنحو 100 يوم فقط، أسفرت هذه الإبادة عن مقتل نحو مليون شخص من التوتسي والجماعات المتعاطفة معهم. وبسبب ذلك، صنفت إبادة التوتسي برواندا من قبل العديد من المؤرخين كأسرع عملية إبادة بتاريخ البشرية.